微生物检验科于2002年1月设立，现有工作人员15名，其中具有副高职称的2人，中级职称的10人,其他卫生技术人员3人。
有工作用房2050平方米。内设卫生微生物室、病原细菌室、细菌快速鉴定室、钩端螺旋体室、实验动物检测室、脊髓灰质炎（脊灰）病毒室、流感病毒室、麻疹病毒室、虫媒病毒室、免疫功能测试室、三级生物安全防护实验室等。装配有全自动核酸分离纯化系统、全自动细菌快速鉴定药敏分析系统、实时荧光定量PCR仪、病毒载量分析仪、菌种冻干机、生物安全柜、全自动酶标仪、冷冻离心机、高速离心机、纯水器等大型、高档仪器设备60余台（件）。可开展检测项目108项。